本来、免疫とは自己（正常細胞・組織など）と非自己（細胞やウイルス、ガン細胞など）識別し、非自己を排除する役割を担っているが、時として自己を敵や異物と見誤って攻撃をする場合がある。これが自己免疫疾患である。
自己免疫疾患は自己反応Ｔ細胞が正常な細胞や組織・臓器を攻撃することで発病する。
たとえば、
- DNAを攻撃するのが全身エリテマトーデス
- 膵臓のインスリン分泌細胞であるランゲルハンス島β細胞を攻撃するのがⅠ型糖尿病
- コラーゲンなどの結合組織を攻撃するのが慢性関節リウマチ
- 皮膚を攻撃するのが乾癬（かんせん）である
自己免疫疾患は、自己反応T細胞が正常にアポトーシス（自殺）してくれないところに原因がある。
ストレスが免疫力のダウンと自己免疫疾患の悪化をもたらす一因とされているが、核酸には異常細胞をアポトーシスさせる機能がるため、自己反応T細胞をアポトーシスに誘導し、免疫機能を正常に戻す可能性がる。
核酸によって、自己免疫疾患のひとつである乾癬や掌蹟濃ほう症（しょうせきのうほうしょう）が改善されたという報告も寄せられている。
